e oorsprong van de Purmer is het punt waar in de Middeleeuwen twee veenrivieren samenkwamen en tot ongeveer 1400 - via wat nu Stinkevuil heet - ongehinderd in de Almere uitstroomden. Eén liep zuidelijk van de Nes door en de tweede onder Kwadijk langs. Vele watersnoden later leverde dat in 1622 een droogmakerij van ruim 2500ha op.
Rechts de kavelkaart van de Purmer naar Lucas Sinck, 1622
(het Noorden is rechtsboven; zie kompasroos linksonder).
Links in de polder is De Nes zichtbaar, een binnengedijkte landtong. Links daarvan de stroomgeul van de voormalige veenrivier die via het Stinkevuil (middenonder) in de Zuiderzee uitmonde. In dat Stinkevuil werd in ong. 1400 de Nieuwendam met een sluis aangelegd; voor die tijd een technisch hoogstandje.
In 1607 overwogen voor het eerst de steden Edam, Monnickendam en Purmerend een octrooi tot droogmaking van de Purmer aan te vragen. Men besloot echter eerst af te wachten hoe het experiment met de Beemster af zou lopen. Twee particulieren, die ook bij de Beemster droogmaking betrokken waren vroegen in 1611 octrooi aan maar toen aarzelden de Staten van Holland. Uiteindelijk kregen Edam en Monnickendam in 1817 het bewuste octrooi.
In 1620 startte het werk, in juni al kwam de ringdijk gereed en in 1622 viel de polder droog.
Het droogmalen gebeurde met 5 gangen van elk drie molens. Door diepteverschillen werd de polder in drie afdelingen gesplitst: van noord naar zuid de Kleine, Grote en Monnickendammer polder.
Leeghwater adviseerde het polderbestuur een molengang te verplaatsen (de Verzette Gang) en in 1654 werd bij de Were-gang een 4e molen geplaatst, net als in 1655 bij Edam (foto rechts).
Anders dan bij de Beemster, waar kavels altijd uit een goed plus een minder goed perceel bestonden tegen een vaste prijs, liepen alle kavels in de Purmer van de dijk of weg tot een middentocht en moest men er twee naast elkaar afnemen. Dat leverde minder versnippering op en het verschil in grootte en kwaliteit werd uitgedrukt in een aangepaste inschrijfprijs.
Oorspronkelijk werd de polder in gebruik genomen voor de landbouw maar door problemen met de waterhuishouding stapte men al snel over op veeteelt. Door verbeterde bemaling wordt vandaag de dag wel wat landbouw bedreven maar het merendeel is nog steeds voor veehouderij.
 
In 1833 werd bij wijze van proef een molen vervijzeld die zo goed uitpakte dat de beide uitbreidingen met een 4e molen weer konden vervallen.
In 1877 werd een stoomgemaal aan de noordkant van de polder gebouwd. De Stinkevuilgang en de 2e gang bij Edam bleven in werking maar de rest van de molens werd gesloopt.
In 1908 werd het stoomgemaal geheel vernieuwd en konden de resterende molens gesloopt worden (foto hernaast uit 1920).
 
Er zijn geen dorpen ontstaan in de Purmer. In 1633 vroeg en kreeg men een school maar pas in 1865 een kerk.
 De aanplant en bekostiging van bomen (windsingels) werd aan de bewoners overgelaten. Men mocht echter alleen maar aan één zijde van een weg bomen planten, zodanig dat de zon altijd vrij toegang tot de (onverharde) wegen had. Evengoed veranderden die regelmatig in onbegaanbare modderpoelen.
In het zuidwesten van de polder was een stuk oud land mee ingepolderd: De Nes, gelegen aan de oude stroomgeul van een der boven vermelde veenrivieren. De Nes werd als Nessepolder een zelfstandig poldertje met een eigen dijk. De boeren op de Nes waren gewoon 's winters hun land, bij wijze van bemesting, onder water te zetten maar doordat hun dijk niet al te dicht was ontstond veel wateroverlast in de Purmer. Dit leidde er toe dat in 1633 de sluis, waardoor water in de Nessepolder gelaten kon worden gedempt werd.
Tussen 1700 en 1931 werd vergunning verleend de Nessepolder te vervenen waardoor weer een meertje ontstond. Deel van de vergunning was de voorwaarde dat dit opnieuw drooggemaakt moest worden maar de concessiehouder ging in 1931 failliet waarna de provincie eigenaar werd en alsnog droogmaakte.
Onmiddellijk na het droogvallen van de Purmer heeft de Amsterdamse burgemeester Volkert Overlander in de Nes slot Ilpenstein laten bouwen. Tien jaar later verkocht hij het alweer aan alweer een Amsterdamse burgemeester, Frans Banning Cock. In 1872 werd het slot gesloopt.